La Universidad Nacional de Córdoba contrató en 1872 al Dr. Hendrick Weyenberg como profesor de Zoología y Anatomía Comparada para la Facultad de Ciencias Naturales, Físicas y Matemáticas creada por Sarmiento.
Por Ley del 27 de septiembre de 1877 se crea la Facultad de Ciencias Médicas y el Dr. Weyenberg fue nombrado su primer Decano y único Profesor de Anatomía e Histología.
En su primer año de existencia, inaugura las clases el 11 de marzo de 1878, con 42 alumnos y desarrolla el tema: “Relaciones de las Ciencias entre sí”, adoptando como texto la Anatomía de Fort.
Muy pronto publicó el Dr. Weyenberg un libro: “Anatomía Humana” que fuera impreso por cuenta de Universidad.
Sus métodos de enseñanza seguían el ejemplo de la Escuela Vienesa con HYRTL a la cabeza, por esa época el más grande Anatomista.
Ese mismo año el Dr. Weyenberg ideó el anfiteatro de Anatomía que funcionó al lado del Hospital San Roque hasta que fuera inaugurado el del Hospital de Clínicas en 1913.
El Museo Anatómico tiene su cimiento en el año 1878.
Contaba con un esqueleto prestado, propiedad del Colegio Nacional de Monserrat, nueve preparados donados por Rodríguez de la Torre, algunos huesos preparados en la Cátedra, otros obtenidos en el Cementerio San Jerónimo, un atlas anatómico y nueve láminas.
Un inventario efectuado en Diciembre de 1892 consigna que el Museo, poseía una colección de huesos y 80 piezas entre preparados anatómicos y plásticos. Hasta el año 1924 pocos progresos se habían hecho en el Museo; se hacía sentir la falta de un técnico que orientara al Instituto Anatómico y enseñara los secretos de la técnica Anatómica.
La fuente era Europa.
Por entonces fue Rector durante el período 1924-1928 el destacado Profesor de Psiquiatría Dr. León S. Morra quien conciente del problema aprovechó con acierto el viaje que efectuaron en el año 1925 dos distinguidos Profesores, los Dres. G. Martínez y M. Aliaga, encomendándoles la misión de entrevistar en España algún anatomista de relevancia que pudiera ser contratado para nuestra Escuela de Medicina.
Asisten en Sevilla a una exposición de preparados anatómicos de los que era autor el joven Profesor Pedro Ara Sarría que ya brillaba con nítidos perfiles.
Entrevistado por los aludidos Profesores, el Dr. Ara aceptó el contrato que fue suscripto por las autoridades Universitarias, merced al diligente trámite que imprimiera el Rector Morra.
El Profesor Ara comenzó a actuar en Córdoba en el mismo año 1925, pronto su experiencia y eximia calidad en los métodos de técnica anatómica dieron lugar a excelentes y acabadas piezas anatómicas que fueron dando cuerpo a la verdadera formación de un auténtico Museo.
El Profesor Ara, el Maestro muestra todo su saber cuando enseña los complicados métodos de preparación, insentiva aptitudes vocacionales a los jóvenes por la Anatomía y crea una escuela.
Luego de haber formado selectos discípulos a fines de 1932 se aleja a su Patria y pasa a ocupar la Cátedra el Prof. Dr. Humberto Fracassi quien actuó ininterrumpidamente de 1933 a 1955.
Hacia 1933 el Museo ya estaba enriquecido con muchos preparados de valor, producto de la labor directriz, personal del Maestro Ara y sus discípulos. Sin embargo, el Profesor Fracassi que fuera destacado colaborador del Prof. Ara, mantuvo ritmo, interés y tesón prosiguiendo la labor en marcha para producir el acrecentamiento del material del Museo. En este período, el Museo tiene sus dependencias en un salón, bien adecuado, que fuera pertenencia administrativa del Hospital Nacional de Clínicas en el ala frontal del mismo, en su planta alta.
En 1955, al jubilarse el Prof. Fracassi, le sucede en los cargos el Prof. Ángel R. Suárez, discípulo de los Maestros Ara y Fracassi. De ambos enriqueció su acervo anatómico con el dominio de técnicas y preparaciones.
Merced a su preocupación logra la construcción de un nuevo edificio, en terrenos colindantes al Hospital Nacional de Clínicas por su parte Norte y vecinos al Río Primero (Suquía).
En 1962 se inaugura el nuevo edificio del Instituto Anatómico de Córdoba con instalaciones adecuadas para el Museo Pedro Ara y la Cátedra de Anatomía Normal. El crecimiento continuó en cuanto a las preparaciones se refieren y alcanzó su máximo nivel en 1972, año en el cual llego a contar con 1100 preparados en exposición.
En 1969, aún joven fallece el Prof. Ángel R. Suárez y se suceden en la Dirección del Instituto y Museo el Prof. Román E. Jiménez (1969), Prof. Pedro E. Olivares (1970), y Prof. Oscar Antonio (1971).
Luego del año 1971, se produce el llamado a concurso y reasume la Dirección el Prof. Olivares, quien ejerce hasta el año 1987.
Desde entonces desempeñó la dirección el Prof. Dr. César Ignacio Aranega, hasta su jubilación en Marzo de 2010.
Como nota destacada durante su gestión, se pone de manifiesto que en el mes de junio de 2002, concurrió a visitar el Museo, con una semana de estadía, el Prof. Jack Burman de la Cátedra de Anatomía de la Universidad de Toronto (Canadá).
El objetivo de su visita fue estudiar y documentar preparaciones anatómicas, de cuya existencia se enteró a través de los comentarios halagüeños de la Directora del Museo de Anatomía de Cracovia (Polonia).
En el año 2010, luego de jubilarse el Prof. Dr. César Aranega, asume la Dirección del Museo el Vice-Director hasta entonces, el Prof. Dr. Carlos Sánchez Carpio, quien se desempeñara hasta el Año 2014.
En el año 2014, es designado el Prof. Dr. Esteban Jauregui como Director del Museo Anatómico Ara, quien desempeñara sus funciones hasta el fines del año 2017.
A partir de Diciembre de 2017 es designado nuevamente el Dr. Carlos Sánchez Carpio como Director del Museo y del Instituto Anatómico de Córdoba, quien se desempeña en dicha función hasta la actualidad.
En las condiciones actuales el rol del Museo es muy importante, de significativamente trascendencia para los estudiantes (universitarios y secundarios), graduados y comunidad en general junto a una fuerte proyección al turismo local, nacional e internacional, como actividad extensionista.
Visitan el mismo anualmente un promedio de 2500 estudiantes del ciclo de enseñanza media y público en general, los 600 alumnos que cursan Anatomía como actividad programada y obligatoria y 150 ayudantes alumnos, rentados y agregados en función de tutores.